خبرگزاری فارس، وابسته به نهادهای حکومتی در ایران، شامگاه شنبه ۲۵ خرداد ۱۴۰۴ گزارش داد که در پی حمله هوایی اسرائیل به مراکز مسکونی در تهران، سردار سرلشکر محمد کاظمی، رئیس سازمان اطلاعات سپاه، کشته شده است. روابط عمومی سپاه پاسداران با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرد که در این حمله همچنین دو تن دیگر از نیروهای اطلاعاتی، حسن محقق و محسن باقری، کشته شدند. در این اطلاعیه، ارتش اسرائیل متهم شده که «با هدف قرار دادن مردم در اماکن مسکونی» این نیروها را کشته است. سپاه همچنین از آغاز مرحله بعدی عملیات «وعده صادق ۳» خبر داده و گفته است که مراکز اطلاعاتی اسرائیل با حملات موشکی هدف قرار گرفته‌اند. در پایان این بیانیه آمده است: «عملیات‌های مؤثر و هدفمند علیه اهداف حیاتی» اسرائیل ادامه پیدا می‌کند.

بنابر خبرهای رسیده و ویدیوهای دریافتی، شهرهای مختلف ایران به ویژه تهران، پایتخت با حملات متعددی از سوی اسرائیل روبرو شده اند. گزارش‌های تایید نشده از اصابت و انفجارهای متعدد در ساختمان‌های منتسب به وزارتخانه‌های دولتی از جمله وزارت اطلاعات حکایت دارد. فرماندهی انتظامی جمهوری اسلامی در بیانیه کوتاه تایید کرد شماری از نیروهایش در حمله به مقر این فرماندهی در تهران مجروح شدند. این نهاد اعلام کرد که ساختمان این مرکز هدف حمله «ریزپرنده‌ها» قرار گرفته است. خبرگزاری رویترز به نقل منابع آگاه گزارش داده تعدادی از افراد مرتبط با برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی در انفجار خودروهای بمب‌گذاری‌شده جان باخته‌اند. بنا بر اخبار رسیده فرودگاه مشهد نیز شاهد انفجاری بوده است. هنوز مشخص نیست که این انفجار در نتیجه حمله هوایی یا موشکی بوده یا با حمله عوامل اسرائیل در داخل ایران این انفجار رخ داده است. ارتش اسرائیل می‌گوید یک هواپیمای سوخت‌رسان ارتش ایران را در فرودگاه هدف قرار داده است. مقام‌های جمهوری اسلامی به صورت مداوم نسبت به حضور و فعالیت عناصر موساد در ایران به شهروندان هشدار می‌دهند. همزمان سپاه تهران بزرگ اعلام کرد که مراسم تشییع فرماندهان سپاهی کشته‌شده در حملات اسرائیل که همین امروز گفته شده بود سه‌شنبه ۲۷ خرداد برگزار می‌شود، لغو و زمان برگزاری آن در روزهای آتی اعلام خواهد شد.

تلویزیون جمهوری اسلامی تایید کرد که در پاسخ به حملات دوباره امروز اسرائيل به تهران و چندین شهر دیگر، دور تازه پاسخ موشکی خود به اسرائیل را آغاز کرده است. در اسرائیل همزمان آژیر خطر و رفتن به پناهگاه‌ها به صدا در آمده است. شبکه خبر صدا و سیما حمله تازه را «آغاز موج جدید عملیات وعده صادق۳» نامیده است. ارتش اسرائیل مدعی است از شامگاه ۲۴ خرداد دست‌کم «۸۰ هدف» را در تهران هدف قرار داده‌ است. بنا بر تصاویر دریافتی از ایران، نقاط مختلفی در پایتخت مورد اصابت قرار گرفته است. هنوز منابع رسمی از تلفات احتمالی آماری منتشر نکرده‌اند.

در سومین روز از حمله اسرائیل به ایران، همچنان مناطقی در ایران به صورت پراکنده مورد هدف قرار می‌گیرند. گزارش‌ها و ویدئوهای رسیده از ایران دست‌کم انفجارهایی در شیراز، اصفهان، کرمانشاه و تهران را نشان می‌دهند. رسانه‌های داخلی در مورد این حمله‌ها اخبار ناکامل و ضدونقیضی را مخابره می‌کنند که احتمالا به دلیل وجود نظارت نهادهای امنیتی بر کار آنان است. تاکنون آمار دقیقی از تلفات حمله‌های تازه وجود ندارد. در یکی از معدود واکنش‌های رسمی تا این لحظه اکبر صالحی،‌ معاون امنیتی و انتظامی استانداری اصفهان صبح یکشنبه ۲۵ خرداد تایید کرد که ساعاتی قبل به یکی از مراکز وابسته به وزارت دفاع در اصفهان حمله شده است. او از وارد شدن آسیب به ساختمان‌های اطراف این مرکز هم خبر داده است. در شیراز حمله اصلی به مرکز صنایع الکترونیک (صا ایران) وابسته به وزارت دفاع جمهوری اسلامی رخ داده است. روح‌الله متفکر آزاد، نماینده تبریز در مجلس شورای اسلامی هم گفت که «۳۱ نفر در حملات اسرائیل به تبریز کشته شدند که اغلب آن‌ها نیروهای نظامی ما بودند.» او بازه زمانی این تلفات را اعلام نکرده است. ‌ارتش اسرائیل هم در بیانیه‌ای مدعی شد که از بامداد جمعه ۲۳ خرداد تاکنون، ۷۲۰ هدف را در قالب ۱۷۰ حمله در سراسر ایران هدف قرار داده است.

روابط عمومی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ۲۵ خرداد ۱۴۰۴ دربیانیه کوتاهی اسامی جمعی از فرماندهان «برجسته و ارشد» نیروی هوافضای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی که همراه امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده هوافضای سپاه کشته شدند را اعلام کرد. بنا بر این بیانیه بامداد جمعه ۲۳ خرداد ۱۴۰۴ محمود باقری، داوود شیخیان، محمدباقر طاهرپور، منصور صفرپور، مسعود طیب، خسرو حسنی و جواد جرسرا نیز همراه فرمانده خود در نتیجه حمله اسرائیل کشته شده اند. همزمان رییس شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی استان تهران گفت که مراسم تشییع کشته‌شدگان حملات اخیر سه‌شنبه ۲۷ خرداد ۱۴۰۴ در تهران برگزار می‌شود.

سیدعباس عراقچی، وزیر خارجه جمهوری اسلامی ایران، در دیدار با سفرای خارجی در تهران، حمله اخیر اسرائیل به تأسیسات هسته‌ای ایران را عبور از خط قرمز حقوق بین‌الملل دانست و گفت: «این یک خلاف بسیار بزرگ از نظر حقوق بین‌الملل است و تحت هر شرایطی ممنوع است، اما متاسفانه با بی‌تفاوتی شورای امنیت مواجه شده‌ایم.» او همچنین حمله به منطقه عسلویه را «تلاش برای کشاندن درگیری به خلیج فارس» خواند و تأکید کرد که ایران در پاسخ، برخی اهداف اقتصادی اسرائیل را هدف قرار داده است. عراقچی گفت: «ما خواهان گسترش جنگ نیستیم، مگر اینکه به ما تحمیل شود.» او آمریکا را شریک در حملات اسرائیل دانست و با اشاره به «شواهد موجود»، خواستار اعلام رسمی واشینگتن در محکومیت این حملات شد. او افزود: «پیام‌های غیررسمی کافی نیست. آمریکا باید موضع علنی بگیرد و خود را از این درگیری کنار بکشد.»

ارتش اسرائیل با انتشار پیام ویدئویی به زبان فارسی از شهروندان ایرانی خواست از اماکن نظامی فاصله بگیرند. در این پیام که ۲۵ خرداد ۱۴۰۴ منتشر شده گفته می‌شود: «تمامی افرادی که هم‌اکنون یا در آینده نزدیک در داخل یا حوالی کارخانجات تولید تسلیحات نظامی و نهادهای پشتیبانی آن حضور دارند»، هشدار داد «فوراً این مناطق را ترک کنند و تا اطلاع ثانوی بازنگردند». به گفته سخنگوی وزارت بهداشت جمهوری اسلامی ایران در نتیجه حمله‌های اسراییل به ایران تا ظهر ۲۴ خرداد دست‌کم ۱۲۸ تن کشته و ۹۰۰ تن دیگر مجروح شده اند.

دونالد ترامپ، رئیس جمهوری آمریکا بار دیگر گفت دولت او نقشی در حمله اسرائیل به ایران نداشته است. او شامگاه شنبه ۲۴ خرداد به وقت محلی در شبکه اجتماعی تروث، متعلق به خودش نوشت: «ایالات متحده امشب هیچ نقشی در حمله به ایران نداشت». پیشتر دو مقام اسراییلی گفته بودند نتانیاهو از ترامپ خواسته است در حمله به ایران مشارکت کند اما پاسخ منفی گرفته. ترامپ همچنین ایران را تهدید کرد «اگر به هر نحوی» به نیروهای آمریکایی حمله کند، «تمام قدرت و توان نظامی آمریکا در سطحی بی‌سابقه» بر سر ایران فرود خواهد آمد. او نوشت: «می‌تواند با دست‌یابی راحت به توافق بین ایران و اسراییل به این درگیری خونین پایان دهد». پیشتر هم گزارش شده بود او در مذاکره تلفنی با ولادیمیر پوتین گفته است جنگ ایران و اسراییل باید پایان یابد.