محمد اسلامی، رئیس سازمان انرژی اتمی پس از جلسه چهارشنبه ۲۸ خرداد هیئت دولت گفت رافائل گروسی، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی «به اندازه کافی کوتاهی کرده است که در پیشگاه تاریخ ثبت شد». اسلامی افزود: «او نقش مخربی ایفا کرد. امیدواریم که این را در تاریخ ثبت بکنیم که تعلل تاریخی ایشان موجب این سوء استفاده‌ها شد.» این نخستین بار نیست که مسئولان حکومتی ایران علیه رافائل گروسی صحبت می‌کنند. رسانه‌های جمهوری اسلامی نیز پیش از آغاز حملات اسرائیل به ایران مدعی شده بودند که مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی با اسرائیل در ارتباط بوده است. شورای حکام آژانس در آخرین نشست خود قطعنامه‌ای علیه جمهوری اسلامی به‌دلیل عدم همکاریش تصویب کرد.

خبرگزاری مهر در گزارشی اعلام کرد که بامداد چهارشنبه ۲۸ خرداد درگیری مسلحانه در شهرری رخ داده است. این خبرگزاری نوشته است که درگیری بین نیروهای انتظامی و امنیتی «با افرادی که ممکن است مرتبط با موساد یا جاسوسان اسرائیلی باشند، رخ داد». مهر افزود این درگیری از خیابان خان‌محمدی، یکی از خیابان‌های منتهی به خیابان فداییان اسلام و میدان اصلی شهرری، شروع شد؛ از ساعت ۳ و ۳۰ بامداد ظاهراً درگیری به منطقه‌ای دورتر از میدان شهر ری کشیده شد و حدود نیم ساعت ادامه یافت. بنا به این گزارش، «طرفین درگیری مجهز به سلاح‌های خودکار، بودند و شلیک‌ها بیشتر به‌صورت تک‌تیر بود، هرچند چند نوبت رگبار هم شنیده شد.» در روزهای پس از حمله اسرائیل به ایران، مقامات جمهوری اسلامی بارها نسبت به حضور آن‌چه «جاسوسان اسرائیل» می‌نامند، هشدار داده‌اند.

در هنگامه تبلیغات جنگی، پس از آن‌که مقامات اسرائیلی و آمریکایی اعلام کردند که بر آسمان تهران تسلط یافته‌اند، سرهنگ ایمان تاجیک، سخنگوی عملیات وعده صادق ۳ هم گفت «حمله موشکی امشب نشان داد ما به آسمان سرزمین‌های اشغالی تسلط کامل یافته‌ایم» و «ساکنان اسرائیل برابر حملات موشکی ایران کاملاً بی‌دفاع شده‌اند». سپاه پاسداران بامداد چهارشنبه ۲۸ خرداد در بیانیه‌ای اعلام کرد که در حملات شب گذشته خود به اسرائیل از موشک‌های نسل اول فتاح استفاده کرده و از سپر دفاع موشکی اسرائیل نیز عبور کرده است. سپاه هم در بیانیه خود مدعی شد که بر آسمان اسرائیل «تسلط کامل» یافته‌ است.