رافائل گروسی، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی (IAEA)، اعلام کرد که به دلیل «وضعیت اضطراری» در ایران پس از حملات اخیر به تأسیسات هسته‌ای این کشور، دوشنبه ۲۳ ژوئن/۲ تیر جلسه فوق‌العاده‌ای با شورای حکام آژانس برگزار خواهد کرد. گروسی اظهار داشت: «با توجه به وضعیت روزافزون جدی در زمینه ایمنی و امنیت هسته‌ای، شورای حکام فردا در جلسه‌ای ویژه تشکیل جلسه خواهد داد که من در آن سخنرانی خواهم کرد.» او افزود که مقام‌های نظارتی ایران به آژانس اطلاع داده‌اند پس از حملات به سه تأسیسات هسته‌ای، از جمله سایت فردو، هیچ افزایشی در سطوح تشعشعات خارج از این سایت‌ها گزارش نشده است. گروسی تأکید کرد: «تا این لحظه، انتظار نداریم که این حملات پیامدهای سلامتی برای مردم یا محیط زیست خارج از سایت‌های هدف داشته باشد. ما به نظارت و ارزیابی وضعیت در ایران ادامه خواهیم داد و با دریافت اطلاعات بیشتر، به‌روزرسانی‌های لازم را ارائه می‌کنیم.» بر اساس آخرین اطلاعات تأییدشده توسط آژانس پیش از آغاز حملات در ۱۳ ژوئن، سه سایت هدف قرار گرفته توسط ایالات متحده – شامل اصفهان، نطنز و فردو – حاوی مواد هسته‌ای به شکل اورانیوم غنی‌شده در سطوح مختلف بودند که ممکن است در داخل تأسیسات مورد اصابت، آلودگی رادیواکتیو و شیمیایی ایجاد کرده باشد. گروسی، همان‌طور که در بیانیه خود به شورای امنیت سازمان ملل در روز جمعه مطرح کرد، بار دیگر خواستار خویشتنداری نظامی و تلاش برای یافتن راه‌حل دیپلماتیک شد. او تصریح کرد: «من بارها گفته‌ام که تأسیسات هسته‌ای هرگز نباید مورد حمله قرار گیرند.» مدیرکل آژانس همچنین بر لزوم توقف درگیری‌ها تأکید کرد تا آژانس بتواند بازرسی‌های حیاتی خود در ایران، از جمله راستی‌آزمایی ذخایر اورانیوم با غنای بالا، را از سر بگیرد. گروسی همچنین اهمیت تبادل به‌موقع و مستمر اطلاعات با ایران در زمینه ایمنی، امنیت و پادمان‌های هسته‌ای را مورد تأکید قرار داد.

در نهمین روز حملات نظامی گسترده اسرائیل به ایران در ۳۱ خرداد ۱۴۰۴ ارگان خبری مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران (هرانا) اعلام کرد که بر پایه اطلاعات گردآوری‌شده خود از ۲۵ استان کشور که هدف حمله قرار گرفته‌اند، شمار کل قربانیان این حملات به ۴۲۶۱ تن رسیده است. بنا بر گزارش هرانا از این تعداد، ۸۶۵ تن جان خود را از دست داده‌اند و ۳۳۹۶ نفر نیز مجروح شده‌اند. این آمار بسیار بیشتر از آمار رسمی اعلامی وزارت بهداشت جمهوری اسلامی ایران است. وزارت بهداشت جمهوری اسلامی ایران تا پایان هفته اول جنگ، ۳۰ خرداد ۱۴۰۴ اعلام کرد که حملات اسرائیل جان ۴۳۰ ایرانی را گرفته و نزدیک به ۳۵۰۰ تن را مجروح کرده است.

مرکز رسانه قوه قضاییه یکشنبه ۱ تیر ۱۴۰۴ خبر داد که حکم اعدام مجید مسیبی، زندانی متهم به «افساد فی‌ الارض و محاربه از طریق جاسوسی برای اسرائیل» اجرا شده است. ارگان خبری مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران (هرانا) به نقل از میزان با اعلام این خبر نوشت: «مجید مسیبی، فرزند رجبعلی با همکاری اطلاعاتی و جاسوسی به نفع اسرائیل در حکم محاربه و افساد فی‌الارض بازداشت و محاکمه شده بود.» سازمان حقوق بشر ایران ۲۲ خرداد ۱۴۰۴ و ساعاتی پس از حمله گسترده اسرائیل به ایران، نسبت به خطر اعدام قریب‌الوقوع دست‌کم ۱۰ نفر که به اتهام جاسوسی برای اسرائیل در ایران محکوم شده‌اند، هشدار داده بود. پیش از این دستگاه قضائی جمهوری اسلامی ایران اسماعیل فکری را که دو سال پیش بازداشت کرده بود بامداد دوشنبه ۲۶ خرداد به‌عنوان «جاسوس وابسته به سازمان اطلاعاتی رژیم صهیونیستی (موساد)» و با اتهام «محاربه و افساد فی‌الارض» اعدام کرد.

آژانس بین‌المللی انرژی اتمی (IAEA) اعلام کرد که پس از حملات اخیر به سه تأسیسات هسته‌ای ایران، از جمله سایت فردو، تاکنون هیچ افزایشی در سطوح تشعشعات رادیواکتیو خارج از این سایت‌ها مشاهده نشده است. این در حالی است که دونالد ترامپ، رئیس‌جمهور آمریکا، مدعی شد حملات بمب‌افکن‌های این کشور فردو را «کاملاً نابود» کرده است. اکبر صالحی، معاون امنیتی استاندار اصفهان، نیز تأکید کرد که بررسی‌های مرکز نظام ایمنی هسته‌ای ایران هیچ‌گونه نشت یا آلودگی در سایت‌های نطنز و اصفهان نشان نداده و ساکنان مناطق اطراف در معرض خطر نیستند. آژانس اعلام کرد با دریافت اطلاعات بیشتر، ارزیابی‌های دقیق‌تری ارائه خواهد داد.