حسام‌الدین آشنا مشاور رئیس‌جمهوری در واکنش به ترور محسن فخری‌زاده، رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع «پنج اصل راهبردی» را برای «آینده نبرد» برشمرد. مشاور رئیس‌جمهوری در توئیتر خود از جمله اصول ضروری برای «نبرد» را «فرماندهی یکپارچه اطلاعاتی و امنیتی» و «هم‌افزایی توانایی‌ها به جای رقابت‌های کم‌حاصل» دانست. این سخنان در حالی مطرح می‌شود که ترور فخری‌زاده در ادامه سایر عملیات‌های «خرابکارانه» علیه منافع و زیرساخت‌های داخل ایران موجب نگرانی‌‌ها‌ و انتقادها نسبت به کارکرد دستگاه‌های امنیتی و اطلاعاتی شده است. حسین علایی، از فرماندهان سابق سپاه «ضعف در ساختار و سازوکارهای دستگاه‌های امنیتی» را زمینه‌ساز این حملات در خاک ایران دانسته است. رقابت میان سازمان اطلاعات کشور و اطلاعات سپاه در سال‌های اخیر به اقدامات خودسرانه و ناهماهنگی هر چه بیشتر میان این دو دستگاه اطلاعاتی منجر شده است. ظاهرا توئیت آشنا ناظر بر این اختلافات درون حکومتی است. آشنا در عین حال سه اصل دیگر را نیز نام برده است که عبارتند از: تمرکز بیش از پیش بر شبکه‌های پیچیده نفاق و نفوذ، بازسازی توان نفوذگری علیه دشمن صهیونیستی، به‌روزرسانی شیوه‌ها و فناوری‌های مواجهه با نسل جدید منافقین

علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی به دنبال ترور محسن فخری‌زاده، از مقامات ارشد سپاه و معاون پژوهشی وزارت دفاع ایران. پیام تسلیتی صادر کرد. او در این پیام محسن فخری‌زاده را دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور» خوانده است. خامنه‌ای در پیام تسلیت خود از دست‌اندرکاران خواسته این ترور را پیگری کنند و «عاملان و آمران» آن را مجازات کنند. او همچنین خواهان «پیگیری تلاش علمی و فنی در همه‌ بخش هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت» شده است. محسن فخری‌زاده، روز جمعه هفتم آذر در آبسرد دماود ترور شد. بسیاری از مقامات ایران در واکنش به ترور او از به کار بردن لفظ دانشمند هسته‌ای درباره او خودداری کردند و همزمان ترور او را به اسرائیل نسبت دادند. آنها همچنین وعده «انتقام سخت» در واکنش به این ترور داده‌اند.

فریدون عباسی، رییس کمیسیون انرژی مجلس، در یک برنامه تلویزیونی به انکار نقش محسن فخری زاده در برنامه هسته‌ای ایران اعتراض کرده و گفته است که مقام‌های جمهوری اسلامی نباید عنوان «دانشمند هسته‌ای» در مورد فخری‌زاده را انکار کنند. او گفته است: «کسی نباید هسته‌ای بودن فخری‌زاده را انکار کند، چون زمینه‌ای برای مذاکرات بعدی و به زانو درآوردن ایران است.» از روز گذشته و به دنبال ترور فخری‌زاده در آبسرد دماوند، مقامات جمهوری اسلامی به نقش او در صنایع دفاعی اشاره کردند و او را دانشمند برحسته نامیدند. نماینده ایران در سازمان ملل هم نقش اخیر او را توسعه واکسن کرونا اعلام کرد. عباسی همچنین ضعف سازمان‌های امنیتی جمهوری اسلامی در قبال ترورها را رد کرده است. او گفته: «برنامه ترور فخری‌زاده به دهه ۸۰ برمی‌گردد. دستگاه‌های امنیتی و حفاظتی ما خیلی خوب عمل کردند. ترورها ضعف دستگاه‌های امنیتی ما نیست. تاخیر در ترورها نشانه قوت دستگاه امنیتی ماست.» خود عباسی نزدیک به یک دهه قبل از یک عملیات ترور مشابه جان به در برده است. او پس از ترور در دولت محمود احمدی‌نژاد مدتی ریاست سازمان انرژی اتمی را به عهده داشت.