شماری از منابع خبری ایران به نقل از علی مطهری، نماینده مجلس گزارش داده بودند که او در دانشگاه فردوسی مشهد گفته «حمایت رهبری از آقای احمدی‌نژاد ریشه فتنه سال ۸۸ بوده است»، اما مطهری می‌گوید چنین جمله‌ای را در سخنرانی‌اش نگفته است.
علی مطهری: مسأله سال ۸۸ اعتراضی معمولی بود که به دلیل سوءمدیریت‌ها منجر به آن وقایع شد
به گزارش خبرگزاری خانه ملت، مطهری توضیح داده که در دانشگاه فردوسی گفته است: «این‌که عده‌ای از مدتی قبل از انتخابات سال ۸۸ راه افتادند و گفتند نظر رهبری به آقای احمدی‌نژاد است، باعث شد قشر متدین و ولایی اصرار داشته باشند که ایشان رأی بیاورد و افرادی هم که عناد داشتند تلاش کردند که وی رأی نیاورد تا رهبری تضعیف شود. در نتیجه جامعه دوقطبی شد و این امر یکی از عوامل مؤثر در فتنه سال ۸۸ بود.»
«فتنه» که از سال ۱۳۸۸ وارد ادبیات سیاسی ایران شد، توصیفی است که مقامات حکومتی و گروه‌های نزدیک به آن‌ها در مورد حوادث پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ به‌کار میبرند.
مطهری در دانشگاه فردوسی مشهد گفته است: «بنده با این مسئله مخالفم که می‌گویند فتنه ۸۸ حادثه‌ای بود که از سال‌ها پیش برنامه‌ریزی شده و با کشورهایی نظیر آمریکا و انگلیس طراحی این برنامه در ارتباط بوده است، این‌ها برای من قابل قبول نبوده مگر این‌که مدرک و دلایل محکم آورده شود.»
به‌گفته این نماینده مجلس «مسئله سال ۸۸ اعتراضی معمولی بود که به دلیل سوءمدیریت‌ها منجر به آن وقایع شد و همین سبب استمرار بیش از حد اعتراضات و حوادث ناگوار شد».
علی مطهری افزود: «کسانی که در حصر هستند هشت سال نخست‌وزیر و دیگری ریاست مجلس را به عهده داشته و ما باید به آن‌ها اجازه حرف زدن بدهیم تا ببینیم حرف حساب‌شان چیست و چه می‌خواهند و چه می‌شود.»
میرحسین موسوی، آخرین نخست‌وزیر ایران و مهدی کروبی، رئیس مجلس ششم، دو تن از نامزدهای دهمین انتخابات ریاست جمهوری در سال ۸۸ بودند که به نتیجه آن اعتراض داشتند. موسوی و کروبی از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به‌سر میبرند.
به‌گفته مطهری «این صحیح نیست که ما بگویم در سال ۸۸ هر فردی که اعتراض کرد، فتنه‌گر است و یا این‌که هر فردی زیر نامه‌ای را در سال ۸۸ امضا کرده فتنه‌گر است، نباید فضا را طوری نمایش دهیم که بگویند در جمهوری اسلامی حق اظهارنظر وجود ندارد و آزادی بیان نیست.»
«فتنه، ابزاری برای حذف رقبای سیاسی»
فعالان سیاسی اصلاح‌طلب در ایران می‌گویند که محافظه‌کاران، از حوادث سال ۸۸ به‌عنوان ابزاری برای حذف رقبای خود در عرصه‌های سیاسی استفاده می‌کنند.
از جمله در تازه‌ترین رویداد از این دست، نمایندگان تندروی مجلس ایران به جعفر میلی منفرد، محمود نیلی احمدآبادی و فخرالدین احمدی دانش آشتیانی، وزیران پیشنهادی علوم به دلیل آن‌که آن‌ها را از «فعالان فتنه ۸۸» می‌دانند، رأی اعتماد ندادند و رضا فرجی دانا، وزیر پیشین علوم را نیز با اتهامی مشابه، استیضاح و از وزارت علوم برکنار کردند.
علی مطهری چندی پیش در واکنش به این تصمیم نمایندگان مجلس گفته بود: «مجلس در چند ماه اخیر و در جریان استیضاح و رأی اعتماد ناخودآگاه در جهت تقویت جریان فتنه ۸۸ گام برداشته است. ما وقتی (چنین افرادی را) حامی فتنه معرفی می‌کنیم، این سئوال برای مردم ایجاد می‌شود که این چه فتنه‌ای است که بخشی از انقلابیون و نخبگان طرفدار آن هستند و نکند این جریان بهره‌ای از حق داشته باشد.»