صادق زیباکلام، استاد دانشگاه، با انتشار نامه سرگشاده‌ای خطاب به محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهور ایران، نسبت به برکناری فرهاد رهبر و بیژن رنجبر، رؤسای دانشگاه‌های تهران و تربیت مدرس واکنش نشان داد.
زیباکلام نوشت: “آن‌قدر فضای دانشگاه‌ها بعد از ۲۲ خرداد ۸۸ محدود، سنگین و بسته شد که به‌وصف نمی‌آید. آن‌وقت جناب‌عالی بعد از طی این سال‌ها، و آن هم بعد از آن‌که هزاران دانشجو در طی این سال‌ها دچار مشکل شدند و بسیاری مع‌الاسف از ادامه تحصیل بازماندند، به‌صرافت افتاده‌اید که در دانشگاه‌ها چه می‌گذرد.”
محمود احمدی‌نژاد روز دوشنبه ۲۸ اسفندماه با نامه‌ای خطاب به کامران دانشجو، وزیر علوم، خواهان برکناری رؤسای دانشگاه تهران و دانشگاه تربیت مدرس به دلیل “رویکرد سیاست‌زده، غیرعلمی و یا احیانا امنیتی” آن‌ها شده بود.
صادق زیباکلام کارنامه فرهاد رهبر، رئیس دانشگاه تهران را پس از انتخابات بحث‌برانگیز دهمین دوره ریاست جمهوری در سال ۸۸ در مقایسه با “بسیاری از رؤسای دانشگاه‌ها” به‌مراتب “سفیدتر” دانسته و گفته است فرهاد رهبر “یک‌صدم قلع‌وقمع‌های” حجت‌الاسلام سیدصدرالدین شریعتی، رئیس دانشگاه علامه طباطبایی، و “یک هزارم قلع‌وقمع‌های وزارت علوم” را پس از ۲۲ خرداد ۸۸ نداشته است.
وی با اشاره به اخراج، بازنشسته و ممنوع از تدریس کردن استادان دانشگاه علامه طباطبایی نوشته است: “اگر هدف جناب‌عالی کنارزدن حجاب ترس و سلطه ارعاب فکری حاکم بر دانشگاه‌ها و بازگردانیدن فضای آزاداندیشی در محیط‌های علمی باشد، برکناری ریاست دانشگاه تهران انصافا می‌بایستی در انتهای لیست‌تان باشد.”
زیباکلام همچنین گفته است پس از ۲۲ خرداد ۸۸ وزارت علوم برای استخدام داوطلبان در دانشگاه‌ها نه استعداد، توان و کارنامه علمی و تحقیقاتی آن‌ها که گرایشات ایدئولوژیک و تمایلات سیاسی‌شان را در نظر می‌گرفته است.